– Căn cứ Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội:
+ Tại Điều 47 quy định khai bổ sung hồ sơ khai thuế:
“1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
- Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này.
- Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:
a) Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;
b) Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.
…”
– Căn cứ Khoản 4 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế:
“4. Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:
…
b) Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.”
– Căn cứ Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế Giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế Giá trị gia tăng hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:
“6. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.
…
- Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
…”
– Căn cứ Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 hướng dẫn về thuế GTGT và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) hướng dẫn điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:
“Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
- Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.
…”
Công văn 40071/CTHN-TTHT Trường hợp Công ty có phát sinh số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế thì được khấu trừ toàn bộ. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó theo hướng dẫn tại Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính. Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế thực hiện theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/06/2019 của Quốc hội và Khoản 4 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ.